29 мая 2018 года ГКНБ КР в рамках расследуемого уголовного дела, ранее возбужденного по факту коррупции при модернизации ТЭЦ города Бишкека, бывшему премьер-министру КР Сапару Исакову предъявлено обвинение по ст. 303 ч.1 (коррупция) УК КР и избрана мера пресечения в виде подписки о невыезде.

Установлено, что в 2013 году он, будучи заведующим отделом внешней политики в ранге заместителя руководителя Аппарата Президента КР, при реализации проекта «Модернизация ТЭЦ г.Бишкек», используя своё политическое положение, путем совершения организованных, заранее запланированных действий вместе с группой лиц, пролоббировал интересы иностранной компании при конкурсном отборе подрядчика, в результате чего интересам государства и общества был причинен ущерб в особо крупном размере.

18 октября 2017 года, в период сложных взаимоотношений Казахстана и Кыргызстана, правительственная делегация КР во главе с Сапаром Исаковым побывала в Астане.